Começou a trajetória política no movimento sindical ainda na década de 1980, no Polo Petroquímico de Camaçari. Foi vereador de 2000 a 2007. Também foi eleito deputado federal em 2010, mas licenciou-se para assumir o cargo de Secretário da Casa Civil da Bahia, a partir de 5 de janeiro de 2012. É próximo de Jaques Wagner, ex-governador da Bahia, e foi como secretário do amigo que ganhou maior notoriedade.
Como ministro da Casa Civil, Rui costa despachará de dentro do Palácio do Planalto. A Pasta é como o ponto central da administração do governo federal. Entre suas funções, está a articulação da execução das políticas públicas por todos os demais ministérios. É um dos cargos de maior relação com a Presidência da República e em que o responsável também é dos ministros que goza de maior confiança do chefe do Executivo. Nas primeiras gestões de Lula, por exemplo, a ministra-chefe da Casa Civil era Dilma Rousseff que, depois, veio a ser tornar a escolhida pelo petista para a sucessão presidencial.
Anunciado como ministro da Casa Civil, o governador da Bahia afirmou em entrevista coletiva que a prioridade da pasta será incentivar e articular o retorno de investimentos e a conclusão de obras paradas. O governo eleito aguarda o levantamento de obras paradas prometido pelo Tribunal de Contas da União (TCU). Rui Costa falou em elevar o número de concessões e, eventualmente, a participação do governo federal em projetos de PPPs. Ele indicou que o Programa de Aceleração do Crescimento (PAC) deve ficar sob tutela da Casa Civil.
Saneamento foi considerada pelo futuro ministro como uma “área de prioridade rápida”, assim como a área de energias renováveis. O futuro chefe da Casa Civil indicou ainda que o início de leilões para chamamento da iniciativa privada na área das linhas de transmissão também será uma prioridade. Na avaliação do governador, muitos dos investimentos não precisam do estado como executor, mas como facilitador.
Rui indicou que o governo eleito olhará “com carinho” para a questão do marco do saneamento e que o formato feito ficou engessado e investimentos, travados. “Precisamos ouvir os estados e as empresas privadas, que querem o desejo de investir e entender o que travou a desejada explosão de investimentos”.
Rui Costa declarou que vai atuar como uma espécie de articulador com estados e municípios. A função de articulação política com o Congresso, no entanto, não ficará com ele. Apesar de político, o governador é considerado de perfil técnico e deve atuar como um braço-direito do presidente eleito para materializar o programa de governo apresentado durante a campanha.